Ai sensi dell'articolo 23 del regolamento CTE, il Segretariato Congiunto

- assiste l’Autorità di Gestione nello svolgimento delle sue funzioni

- facilita, valuta e assicura che la selezione dei progetti sia equa e trasparente

- raccoglie i dati finanziari, fisici e statistici necessari per il monitoraggio del programma, nonché per le valutazioni intermedie e finali

- istruisce le richieste di modifica dei progetti presentando una relazione tecnica al Comitato Direttivo che è chiamato a decidere

- è responsabile dell’implementazione del Sistema Informativo reso disponibile a tutti i soggetti coinvolti nell'attuazione del programma